La percentuale di raccolta differenziata al 31/12/2021 si è attestata all' 83,1%.
L'obiettivo dell'Amministrazione Comunale è stato quello di rivedere il sistema di raccolta, soprattutto nella zona di centro storico, sebbene la percentuale di raccolta differenziata abbia superato l'80%. Si è quindi proceduto alla progettazione per il nuovo sistema di raccolta in zona A CityBin al fine di sostituire l'attuale sistema di raccolta domiciliare mediante sacchi a perdere in quanto ritenuti, almeno per alcune frazioni di rifiuti, inappropriati per il decoro del centro storico stesso, riconosciuto patrimonio UNESCO. È stato valutato quindi di mantenere la raccolta domiciliare per le sole frazioni della carta e cartone e del rifiuto indifferenziato. Per le altre tipologie di materiale (in particolare organico, imballaggi in vetro e alluminio, imballaggi in plastica) sono state identificate 19 postazioni per la posa di appositi cassonetti utilizzabili dagli utenti solo con tessera magnetica, come peraltro già avviene per le ecoisole presenti sul territorio comunale. Il nuovo sistema rifiuti e le relative postazioni sono stati deliberati con atto DGC n. 278 del 14/12/2017 e sono entrati in funzione l'01/05/2018.
Dall'aprile 2016 sono inoltre operativi gli Agenti Accertatori del Gestore di Igiene Urbana Mantova Ambiente, che hanno il compito di educare gli utenti al rispetto degli orari e delle modalità di esposizione dei rifiuti. Con Ordinanza sindacale PS 50/60/2016 del 02/04/2016 sono stati infatti estesi anche al personale di Mantova Ambiente appositamente formato e nominato i poteri di controllo e accertamento delle violazioni nei confronti di chi conferisce i rifiuti in modo scorretto. Nel 2017 l'attività degli agenti accertatori ha portato a circa 189 utenze controllate e 90 sanzioni, salite a 123 utenze controllate e 111 sanzioni nel 2018 e a 204 utenze controllate e 344 utenze sanzionate nel 2019. L'attività di controllo è stata sospesa nel 2020 a causa della pandemia ed eseguita da personale della Polizia Locale a fronte di segnalazioni critiche sul territorio.
Alla luce delle ultime revisioni sul servizio, sul territorio comunale la raccolta rifiuti è organizzata nel seguente modo: