La percentuale di raccolta differenziata al 31/12/2022 si è attestata all' 82.75%.
L'obiettivo dell'Amministrazione Comunale è stato quello di rivedere il sistema di raccolta, soprattutto nella zona di centro storico, sebbene la percentuale di raccolta differenziata abbia superato l'80%. Si è quindi proceduto alla progettazione per il nuovo sistema di raccolta in zona A CityBin al fine di sostituire l'attuale sistema di raccolta domiciliare mediante sacchi a perdere in quanto ritenuti, almeno per alcune frazioni di rifiuti, inappropriati per il decoro del centro storico stesso, riconosciuto patrimonio UNESCO. È stato valutato quindi di mantenere la raccolta domiciliare per le sole frazioni della carta e cartone e del rifiuto indifferenziato. Per le altre tipologie di materiale (in particolare organico, imballaggi in vetro e alluminio, imballaggi in plastica) sono state identificate 19 postazioni per la posa di appositi cassonetti utilizzabili dagli utenti solo con tessera magnetica, come peraltro già avviene per le eco-isole presenti sul territorio comunale. Il nuovo sistema rifiuti e le relative postazioni sono stati deliberati con atto DGC n. 278 del 14/12/2017 e sono entrati in funzione l'01/05/2018.
Dall'aprile 2016 sono inoltre operativi gli Agenti Accertatori del Gestore di Igiene Urbana Mantova Ambiente, che hanno il compito di educare gli utenti al rispetto degli orari e delle modalità di esposizione dei rifiuti. Con Ordinanza sindacale PS 50/60/2016 del 02/04/2016 sono stati infatti estesi anche al personale di Mantova Ambiente appositamente formato e nominato i poteri di controllo e accertamento delle violazioni nei confronti di chi conferisce i rifiuti in modo scorretto. L'attività di controllo è stata sospesa nel 2020 a causa della pandemia ed eseguita da personale della Polizia Locale a fronte di segnalazioni critiche sul territorio. Il servizio che è stato riattivato a novembre 2022.

Alla luce delle ultime revisioni sul servizio, sul territorio comunale la raccolta rifiuti è organizzata nel seguente modo: