La gestione delle emergenze sul territorio comunale avviene attraverso il Piano di Emergenza Comunale. Il Piano stabilisce ruoli e responsabilità dei soggetti coinvolti e le procedure da seguire in caso di calamità naturali per la protezione e tutela della popolazione e dell'ambiente.
In linea con quanto disposto dall'art. 4, comma 5 del D. L. 74 del 06/06/2012 (convertito in legge 1 agosto 2012, n. 122), il Settore Polizia Locale ha attivato le procedure per l'aggiornamento del Piano di protezione Civile. L'incarico è stato affidato, a seguito di gara, ad una società esperta in materia di protezione civile, Risorse e Ambiente S.r.l. di Brescia. Nel corso del 2015 con D.C.C. 30 del 27/04/2015 e n. 32 del 11/5/2015 il
suddetto Piano è stato approvato.
Nel 2021 è stato rivisto il Piano di Emergenza Comunale. Attualmente si sta lavorando a un nuovo aggiornamento.

L'elaborato tecnico Rischio di Incidente Rilevante (RIR approvato con D.C.C. n. 82 del 07/09/2004) è lo strumento che stabilisce i requisiti minimi di sicurezza in materia di pianificazione urbanistica e territoriale per le zone interessate da stabilimenti a rischio di incidente rilevante che, nel Comune di Mantova, ammontano a quattro stabilimenti, tutti localizzati nell'area del Polo Chimico e Industriale. Lo strumento è stato approvato nell'ambito del Piano di Governo del Territorio con D.C.C. n. 60 del 21 novembre 2012 ed è efficace dal 2 gennaio 2013, in quanto parte integrante del P.G.T.
Nel corso del 2017 è stata trasmessa alla popolazione, con posta ordinaria, la scheda di informazione sui rischi di incidente rilevante per la popolazione. Essa è stata inoltre pubblicata sulla rete civica.
Le attività e i compiti di Protezione Civile nell'ambito del Comune sono svolti, sotto il coordinamento dell'Ufficio Provinciale della Protezione Civile e in caso di attivazione di emergenza del Centro Coordinamento Soccorsi della Prefettura, dal Gruppo Operativo Misto comunale situato presso il Settore Polizia Locale e Protezione Civile.
Recentemente la Centrale Operativa della Polizia Locale è stata completamente ammodernata; tra gli altri interventi si segnala la realizzazione di una sala dedicata all'unità di crisi e all'attività di gestione delle emergenze.
Particolare attenzione è posta agli aspetti relativi al rischio industriale. La Polizia locale, formata per operare in presenza di rischio chimico e dotata di adeguati Dispositivi di Protezione Individuali, effettua esercitazioni nell'ambito dei ruoli assegnati dal Piano:

- direzione attività attraverso la centrale operativa
- predisposizione posti di blocco e gestione traffico
- verifica funzionalità sistemi acustici di allarme alla popolazione
- prove di evacuazione delle scuole